В состав  СибФНКЦ входит:

-Северская Клиническая Больница (СКБ)

-Филиал Томский Научный Исследовательский Институт Курортологии и Физиотерапии (Филиал ТНИИК и Ф) ссылка на сайт: niikf.tomsk.ru

-Управление организации и развития приносящей доход деятельности (Управление ОиРПДД)

-Управление организации научных исследований и последипломного образования (Управление ОНИиПО)

-Отдел труда и заработной платы (ОТиЗП)

-Планово-Экономический отдел (ПЭО)

-Информационно-координационный отдел (ИКО)

-Отдел противопожарной профилактики, охраны труда и окружающей среды (ОПП, ОТ и ООС)

-Автотранспортная служба (АТС)

-Служба информационных технологий (СИТ)

-Контрактная служба (КС)

-Юридический отдел (Юр. отдел)

-Отдел кадров (ОК)

-Режимно-секретный отдел (РСО)

-Отдел по связям с общественностью (ОСО)

-Отдел по ведению делопроизводства и архива (ОВДиА)