В настоящее время Федеральный Сибирский научно-клинический центр – это многопрофильное специализированное учреждение здравоохранения, обслуживающее более 109 тыс. человек.

Учреждение оказывает первичную и специализированную медицинскую помощь в амбулаторных и стационарных условиях, а также в условиях дневного стационара. Кроме того, Федеральный Сибирский научно-клинический центр входит в перечень медицинских учреждений РФ, выполняющих государственные заказы по оказанию высокотехнологичной медицинской помощи.

В рамках заключенного Соглашения о порядке осуществления функций по оказанию государственных услуг в сфере здравоохранения жителям Красноярского края между ФМБА России и Правительством Красноярского края Федеральный Сибирский научно-клинический центр обслуживает прикреплённое население по системе обязательного медицинского страхования.

Амбулаторно-поликлиническая служба с проектной мощностью 2 460 посещений в смену (г. Красноярск – 950, г. Зеленогорск – 1510 посещений в смену) представлена семью поликлиниками, двумя здравпунктами, расположенными на промплощадках, двумя стоматологическими поликлиниками и диспансерами (кожно-венерологический, противотуберкулезный, психоневрологический в г. Зеленогорске).

Специалисты поликлиник Федерального Сибирского научно-клинического центра ведут приём по 17 направлениям: терапия, хирургия, гинекология, офтальмология, неврология, оториноларингология, сурдология, психиатрия, эндокринология, кардиология, урология, профпатология, дерматовенерология, онкология, инфекционные болезни гастроэнтерология.

Общий коечный фонд круглосуточного стационара – 1 012 коек.

Специализированная медицинская помощь в стационарных условиях оказывается по следующим профилям: терапия, кардиология, пульмонология, неврология, хирургия, травматология, гинекология, педиатрия, инфекционные болезни, акушерская помощь, анестезиология-реаниматология, фтизиатрия, психиатрия, наркология, дерматология и венерология.

Дневной стационар включают в себя 301 койку (146 коек на базе г. Красноярска и 155 коек на базе г. Зеленогорска).

В филиале Клиническая больница № 42 в г. Зеленогорске оказывается медицинская помощь женщинам в период беременности, во время и после родов.

Федеральный Сибирский научно-клинический центр осуществляет медико-санитарное обеспечение населения ЗАТО г. Зеленогорск, олимпийцев, спортсменов сборных команд Российской Федерации и их ближайшего резерва, работников Следственного комитета при прокуратуре РФ, организаций отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда, организаций водного транспорта.
Согласно приказу ФМБА России от 29.10.2009 № 712, Федеральный Сибирский научно-клинический центр является Координационным центром по взаимодействию с МЧС России в Сибирском федерального округе и оказывает специализированную медицинскую помощь силами выездных бригад быстрого реагирования в случае чрезвычайных ситуаций. Согласно соглашению о сотрудничестве и взаимодействии между Сибирским региональным центром МЧС России и ФМБА России в учреждении оказывается медицинская помощь сотрудникам учреждений МЧС России в Сибирском федеральном округе и членам их семей.