Основная задача ПОМЦ - оказание медицинской помощи лицам с вредными и особо опасными условиями труда (в том числе при проведении водолазных и кессонных работ), работникам водного транспорта, атомной и космической промышленности, государственным гражданским служащим. Численность прикрепленного контингента составляет 21 135 человек. Филиалы ПОМЦ работают в рамках территориальных программ обязательного медицинского страхования. Они расположены на основных водных магистралях и максимально приближены к местам дислокации баз флота, гидротехническим объектам, что наряду с использованием корпоративной компьютерной сети и телемедицинских технологий позволяет организовать эффективное оказание лечебно-диагностической, консультативной помощи на местах и обеспечивает своевременную госпитализацию больных

В замкнутом цикле лечебно-профилактических мероприятий обязательным элементом являются реабилитационные программы лечения. В ФБУЗ ПОМЦ ФМБА России организован единый Центр реабилитационного лечения, объединяющий амбулаторный и стационарный этапы реабилитации и реализующий самые современные методики восстановительного лечения, основанные на достижениях доказательной медицины. Мультидисциплинарные бригады в разделе неврологии, обеспечивают комплексный подход к восстановительному лечению с помощью двигательной реабилитации, логопедической и психотерапевтической коррекции. Активно внедряются методики с использованием высокоинтеллектуальной аппаратуры при дегенеративно-дистрофических заболеваниях позвоночника, периферической нервной системы; лечение при заболеваниях и повреждениях опорно-двигательного аппарата, в том числе, в ревматологии, после эндопротезирования тазобедренного сустава, артроскопических операций на коленном суставе. Центр реабилитации продолжает развиваться в направлении оптимизации программ двигательной реабилитации, электронейромиостимуляции в восстановительном периоде инсульта, усовершенствовании технологических линий нейрореабилитации и вертебрологии и восстановительного лечения пациентов, получивших высокотехнологичную медицинскую помощь.

ФБУЗ ПОМЦ ФМБА России является клинической базой 13 кафедр ФГБОУ ВО "ПИМУ" Минздрава России, 4 кафедр ФГКОУ ВПО Института Федеральной службы безопасности Российской Федерации (г. Нижний Новгород), 1 кафедры ФГБУ ГНЦ ФМБЦ им. А.И. Бурназяна ФМБА России выездного и инновационного обучения по интегрированным дисциплинам, 1 кафедры Института биологии и биомедицины Нижегородского государственного университета им. Н.И. Лобачевского. Постоянно проводятся конференции, мастер-классы, школы-семинары с привлечением ведущих российских и зарубежных специалистов. Научные доклады и запатентованные разработки ПОМЦ (10 патентов на изобретения) представляются на российских и международных конгрессах, посвященных разделам терапии, хирургии, кардиологии, гепатологии, челюстно-лицевой хирургии, ЭКО, ультразвуковой диагностики, реабилитологии. Ежегодно выпускаемые сборники статей включают совместные работы врачей практического звена и сотрудников кафедр. Направления научных и клинических разработок ФБУЗ ПОМЦ ФМБА России на ближайшее время: подготовка к трансплантации сердца, оценка структурного и функционального состояния органов радиофизическими методами, радиоизотопные технологии диагностики и лечения онкологических заболеваний, механические методы восстановления и сохранения просвета полых органов при опухолевых заболеваниях, клеточные технологии в медицине. В ФБУЗ ПОМЦ ФМБА России с 2009 г. осуществляет деятельность Многопрофильная экспертная группа №9 Ведомственной аттестационной комиссии ФМБА России по аттестации медицинских работников для присвоения (подтверждения) квалификационных категорий.